Иван Попко родился 28 августа 1819 года в кубанской станице Тимашёвской, в семье священника (протоиерея). С ранних лет увлекался историей, литературой, писал стихи, прявлял большой интерес к изучению иностранных языков. К изучению языков у Ивана явно были незаурядные способности - он оказался настоящим полиглотом: хорошо знал латынь и древнегреческий, владел двенадцатью европейскими языками (по разным данным - восемью или девятью!).
Обучался Иван Диомидович в Астраханской духовной семинарии и в Московской духовной академии. В 1841 году поступил рядовым казаком в десятый конный полк Черноморского казачьего войска. Участвовал в военных операциях Кавказской войны, в том числе, в 1842 году в составе сводной команды конного полка под командованием войскового старшины Григория Рашпиля в походе от Екатеринодара до крепости Анапа и в экспедициях под начальством контр-адмирала Лазаря Серебрякова «в землю натухайцев» в походе до реки Псифа и для сооружения укреплений на реке Гастогай и у Варениковой пристани.
В 1843 году Иван Попко стал хорунжим и затем буквально каждые два-три года получал новый чин: сотника, есаула, войскового старшины. В 1848 году начальство Черноморского казачьего войска назначило Ивана Диомидовича письмоводителем - править официальные бумаги. А спустя три года Иван Попко стал адъютантом командующего войсками на Кавказской линии и в Черномории генерала Николая Завадовского.
За труд «О состоянии Черноморского казачьего войска с 1 января 1825 по 1 января 1850 года» император Николай I пожалован Ивану Попко бриллиантовый перстень. А книга Ивана Диомидовича по истории черноморцев «Черноморские казаки в их гражданском и военном быту» была удостоена Демидовской премии. Также Иван Попко автор трудов «Статистическое описание черноморского войска», «Терские казаки со стародавних времён. Выпуск I. Гребенское войско», «Закубанские воры. Из записок Ивана Попко» и других.
В 1864 году Иван Диомидович, будучи в чине полковника, назначен командиром Псекупского полка. И в том же году основал в станице Ключевой исторический музей и музейное отделение в приходской школе. А в 1877 году занял пост начальника Карской области. Участвовал в русско-турецкой войне 1877 - 1878 годов на Кавказе. Ратную службу завершил в звании генерал-лейтенанта.
За усердную и безупречную службу Отечеству Иван Диомидович Попко стал кавалером всех высших российских орденов, в том числе ордена Святого Александра Невского. В последние годы жизни был предводителем дворянства Ставропольской губернии, Терской и Кубанской областей. Умер 30 августа 1893 года в Харькове. Похоронен на городском кладбище Ставрополя (иллюстрация: Иван Попко - русский военный историк, этнограф, казачий генерал-лейтенант, участник Кавказской и Крымской войн).